En ændring i NemKonto må kun ske på kundens initiativ. Det er kunden der bestemmer hvilken konto, der skal være kundens NemKonto.

Der kan uheldigvis ske fejl i registreringen af en Nemkonto, og det er beklageligt. Statistikken viser dog, at antallet af registreringsfejl er meget beskedent:
Finanstilsynet modtager cirka 1 klage om måneden, mens antallet af registrerede Nemkonti på landsplan ligger langt over 5 mio. 
 
Når kunden klager til Finanstilsynet er historien ofte den, at kunden har oprettet et lån i banken og derfor har oprettet en NemKonto, som skal bruges til at afdrage på gælden. Efter aftalen om gældsafdragelse via denne Nemkonto, går kunden imidlertid hen i en anden bank og opretter dér en ny konto som registreres som NemKonto.

Den oprindelige bank opdager så, at NemKontoen ikke længere er registreret. Banken tror, at der er sket en fejl og indberetter på ny den oprindelige konto som NemKonto. Det må banken imidlertid ikke, uden kunden giver accept heraf.

Finansrådet har gjort bankerne opmærksomme på, at en NemKonto kun må ændres efter aftale med kunden. Men der sker desværre fortsat håndteringsfejl i filialerne.

Det er Finansrådets vurdering, at der er tale om få fejl i forhold til antallet af NemKonti, men det skal naturligvis tilstræbes, at der slet ikke sker fejl.